História tohto syra je tesne prepojená s objavením sa byvolov v Kampánii, v Južnom Taliansku. Podľa niektorých zmienok sa byvoli dostali do tejto oblasti už v šiestom storočí a podľa iných zdrojov priviedol byvoly do Talianska Hannibal v piatom storočí pred Kristom.
Monsignor Alicandri, historik z metropolitného kostola obce Capua, vo svojom diele z XII. storočia spomína dokument, v ktorom sa píše, že v Kláštore Sv. Vavrinca (Monastero di S. Lorenzo) v Capua, zvykli mnísi ponúkať ako občerstvenie pre pútnikov kúsok chleba a “mozzu” , čiže mäkký syr. Názov “mozzarella” úzko súvisí s pojmom “mozza”, čo neznamená nič iné ako mäkký syr, alebo mäkký byvolí syr, ako sa dá vyvodiť z textu Monsignora Alicandriho. Zároveň sa zdá, že tento výraz je odvodený od operácie spracovania, nazývanej “mozzatura”, ktorá je vykonávaná pre rozdelenie syrového cesta na malé kúsky.
Dodnes používaný názov“mozzarella” prvý krát nachádzame v 16. storočí. Bartolomeo Scappi, kuchár Pápežského dvora vo svojej knihe receptov uvádza “…mlieko, čerstvé maslo, prezretý tvaroh, čerstvé mozzarelly a mliečny sneh…”.
Aj keď od šestnásteho storočia sa začína hovoriť o mozzarelle a o iných syroch, neboli tieto výrobky veľmi rozšírené. V sedemnástom storočí sa spomínajú “bufalare”, čo sú murované stavby kruhového tvaru, kde sa spracovávalo byvolie mlieko a vyrábal sa syr caciocavalli, maslo, tvaroh a samozrejme mozzarella. Na začiatku bola mazzarella určená hlavne na miestny trh a to z dôvodu jej jej nízkej trvanlivosti.
Vďaka jednému zariadeniu pre chov byvolov a spracovanie mlieka v Tenuta Reale, známejšej pod menom “Reggia di Carditello”, začína mozzarella získavať všeobecnú známosť a dopyt. Na trhu sa objavuje okolo r. 1720, začína sa jej distribúcia a známou sa stáva od r. 1780.
So zjednotením Talianska vzniká v meste Aversa trh a s ním aj veľkoobchod s mozzarellou a inými syrmi. Dopyt a ponuka na tomto trhu určoval a riadil tvorbu cien, ktoré sa potom uplatňovali na celý obchod s mozzarellou. Mozzarella mala vždy prepojené svoje korene s byvolmi, ktorí sa na začiatku využívali ako ťažné zvieratá, ale neskôr sa stali vzácnymi vďaka ich mlieku.